系统控制具有三种方式：自动控制、手动控制、应急机械控制；在有人工作时可采用手动操作形式，无人值守时采用自动操作形式，火灾自动报警或电器控制系统故障时采用应急机械操作方式。
1）自动控制方式
自动控制状态时，气体灭火系统自动完成防护区房间内的火灾探测、报警、联动控制及喷气灭火整个过程。
各房间设两路独立探测回路，若某房间有烟雾（或温度上升），该房间的感烟（或感温）火灾探测器动作并向气体灭火器送入一个火警信号，控制器即接入火警状态，同时驱动该房间的消防警铃发出火警报警信号，提醒工作人员注意，此时不会发出启动灭火系统的控制信号。随着该房间火灾的蔓延，温度持续上升（或烟雾增大），另一回路的感温（或感烟）火灾探测器动作，向控制器送入另一个火警信号，控制器立即确认发生火灾，同时发出复合火灾报警信号，驱动该防护区的声光报警动作并发出联动信号（关闭空调、排风装置等），经过设定的延时（0～30秒可调） ，控制器输出信号启动灭火系统，灭火剂经管网施放到该防护区实施灭火。
控制器接收到压力信号器的反馈信号后点亮放气指示灯，避免人员误入。
延时时间内，如果发现是系统误动作，或确有火灾发生但使用便携式灭火器即可扑灭火灾，可按下设在防护区门外的紧急止喷按钮，使系统暂时停止施放灭火剂；如果需要继续开启气体灭火系统，则只需要施放紧急止喷按钮即可。
2）手动控制方式
在机房有人工作（如维护设备等）情况下，将手/自动转换开关置于手动档，可自动接收火灾信号，发出相应报警信号，人为按下紧急启动按钮，启动灭火系统实施扑救。为了避免误动作，手动启动气体灭火设备必须在将手/自动转换开关拨到手动档才有效，手动启动后，系统将不经过延时而被直接启动，施放灭火剂。
3）应急机械控制方式
发现火灾后，系统自动、手动两种启动方式均失效的情况下，可在气瓶间内实行应急方式，人工开启启动装置，进行灭火。